La escuela Togakure Ryu (Escuela de la puerta oculta) fue fundada por Daisuke Nishina (conocido como Togakure Daisuke) durante la era Ono, en el siglo XII (hacia el año 1161 aproximadamente).

Daisuke Nishina era un samurai que, tras haber perdido una batalla, llego huyendo hasta el pueblo de Togakure, en la región de Iga. Allí conoció a Kagakure Doshi, un monje guerrero huido de China. Daisuke aprendió de Kagakure Doshi una nueva manera de budo, que unía el aspecto más físico junto con el conocimiento de uno mismo. Daisuke ya había entrenado shugendo con los monjes Yamabushi, y combinando ambas enseñanzas con su propia experiencia estableció los principios de la escuela Togakure. En ese momento ya era llamado Togakure Daisuke, por el pueblo donde habitaba. Y también del pueblo Togakure sale el nombre de este Ryu.

La Togakure Ryu tenía nueve niveles de entrenamiento, que incluían enseñazas en:

Tai jutsu (técnicas de combate sin armas), Shinobi Iri (desplazamiento silencioso), Bo jutsu (técnicas con bastón), Shuriken jutsu (lanzamiento de hojas afiladas), Ninpo Ken jutsu (técnicas con espada),  Kusarigama (hoz y cadena), Yari (lanza), Naginata (alabarda), Kayaku jutsu (explosivos), Ba jutsu (combate a caballo), Suiton jutsu (técnicas de combate en el agua),  Bo Ryaku - Hei Ho (estrategia en el combate), Inton Jutsu (técnicas de infiltración), Cho Ho (espionaje), Ten Mon (Meteorología), Chi Mon (Geografía), Henso Jutsu (disfraz),  Seishin Teki Kyoyo (Tradición espiritual)

Por otra parte, la Togakure Ryu se especializaba en el lanzamiento de senban shuriken, un tipo especial de shuriken de 4 puntas. Asimismo se caracteriza por el uso de shukos (garras de metal usadas para escalar y, si era necesario, como arma) y shinodakes (tubos de banbú usados para respirar bajo el agua, o como cerbatanas). En los Torimaki de la Togakure Ryu viene contemplada la prueba del Sakki test. 

Los principales principios de este Ryu son "Evitar la violencia" y "Emplear la espada únicamente para conseguir la paz, defender el país, la familia y la naturaleza."

La escuela Gyokushin Ryu (escuela del corazón inamovible) fue fundada por Sasaki Goemon en fecha desconocida.

Se conoce poco de la historia de este Ryu, salvo que se difundió principalmente por la provincia de Kishu. A inicios del siglo XVII se supone que entró en contacto con el clan Takeda, y a partir de allí en contacto con la Togakure Ryu. El uso de esta escuela se generalizó hacia el espionaje del enemigo. Actualmente Masaaki Hatsumi sensei es el 21º soke de este Ryu.

Esta escuela se especializa en los sutemi (sacrificio), técnicas en las que se sacrifica el propio equilibrio para conseguir derribar al oponente. Asimismo se caracteriza por el uso y dominio del Nagenawa.

La escuela Kumokagure Ryu (escuela escondida en las nubes) fue fundada por Heinaizaemon Ienaga Iga hacia el siglo XVI.

Según se cuenta en los Torimaki, los orígenes de la escuela provienen de un guerrero llamado Sarutobi Sasuke, que mediante el uso de un kamayari se desplazaba y luchaba usando esa arma para saltar y balancearse entre las ramas. Actualmente, Masaaki Hatsumi sensei es el 14º soke.

Técnicamente, la Kumogakure Ryu posee técnicas de Tai jutsu muy similares a las de la Togakure Ryu, pero con la diferencia que los ninjas de este Ryu solían saltar durante el combate. Respecto a las armas, destaca por el uso del Ippon sugi noburi que usaban para trepar a los árboles y como arma, y del kamayari (una lanza con un gancho que permitía enganchar tanto a objetos como al enemigo).

Por otra parte, cabe destacar el gran número de técnicas o paradas con antebrazo que posee este Ryu. Esto es debido a que los ninjas del Kumokagure Ryu usaban protecciones en los antebrazos. Asimismo denotar que en numerosas ocasiones usaban la máscara del demonio en el combate. 

La escuela Gyokko Ryu (escuela del tigre con diamantes) fue creada por Hakuunsai Tozawa a mediados del siglo XII. 

Se le atribuyen orígenes chinos, y se piensa que fue introducida en Japón por 2 guerreros chinos. Otros atribuyen su llegada a Japón de manos de un general Chino, llamado Ikai. Durante siglos, la Gyokko Ryu fue una referencia para otras artes marciales, sobre todo de la región de Iga. Actualmente Masaaki Hatsumi sensei es el 28º soke.

También posee nueve reglas, las Ninja No Kissoku:

La escuela Koto Ryu  fue organizada a mediados del siglo XVI por Sakagami Taro Kunishige, pero fue fundada formalmente como escuela por el soke Toda Sakyo Ishinsai.

Dentro de este Ryu se han dado ninjas famosos, como lo fuera Sandayu Momochi, 5º soke. Sandayu luchó contra las tropas de Oda Nobunaga durante la invasión que éste realizó en la provincia de Yamato, y más tarde huyó con éxito gracias a su gran dominio del arte del disfraz. Cabe citar que Sandayu Momochi también fue soke de la Gyokko Ryu.

La koto Ryu se especializa en el ataque a los huesos y partes duras del oponente (koppo jutsu), tratando de romperlas. A diferencia de otras escuelas, la Koto Ryu se creo de experiencias en el campo de batalla. Esto se refleja en el koppo jutsu, ya que los ninjas del Ryu trataban de generar mayor energía cinética mediante movimientos contundentes con el cuerpo, que se concentraban de golpe sobre un punto, tratando así de provocar la rotura. Se procuraba  mantener una angulación con el adversario, generalmente situándose en ángulo de 45º. Asimismo se usaban los ataques a los puntos vitales, pero como complemento al ataque principal. A esta escuela se le reconoce la cita "que derriba al tigre con los dedos", en referencia a sus técnicas.

La escuela Gykan Ryu fue fundada por Uryu Hagan Gikanbo en el siglo XVI.

También en esta escuela podemos encontrar ninjas famosos. Uryu Gykan, 10º soke, luchó junto al emperador en una gran batalla en el año 1863, llegando a resultar herido en el combate. Allí conoció a Ishitani Takeoi, soke de la Kukishinden Ryu y de la Takagi Yoshin Ryu. Con el tiempo Ishitani recibió también el título de soke de la Gykan Ryu de manos de Uryu Gykan, pasando a ser el 11º soke de la Gykan Ryu. Actualmente Masaaki Hatsumi sensei es el 15º soke.

Esta escuela se especializa en Koppo Jutsu, Jutai Jutsu, Kosshi Jutsu y Ken Jutsu.

Asimismo se atribuyen a este Ryu numerosos contactos con otras escuelas, como la Itto Ryu, la Hontai Yoshin Ryu, la Takagi Ryu, la Takagi Yoshin Ryu y la Gikan Ryu a través del soke Ishitani Takeoi.

La Kukishinden Ryu ha entrenado Dakentaijutsu, Jutaijutsu, Karate Yoroi Kumiuchi (técnicas de armadura) y Happohikken Jutsu (trabajo con armas). Pero principalmente se la conoce por su manejo superior de la espada, que acompañaba con una postura baja del cuerpo con el fin de mantener un mejor equilibrio. Las técnicas generalmente iba encaminadas a derribar a oponentes con yoroi (armadura), y eso se refleja en los movimientos de este Ryu. Esta escuela también se caracteriza por el estudio del Happo Hiken. Esto comprende la práctica de ocho puntos, que han cambiado según las necesidades de las diferentes épocas. Son:

    1. Taijutsu, Hichojutsu, Nawanage (Combate sin armas, saltos y proyecciones, técnicas con cuerda).
    2. Koppo Jutsu, Jutaijutsu. (roturas de huesos, luxaciones y proyecciones)
    3. Sojutsu, Naginatajustu. (combate con lanza y alabarda)
    4. Bo jutsu, Jo jutsu, Hambo jutsu. (bastón de 1,80m, bastón de 1,20m y bastón de 90 cm.)
    5. Senban Nage, Tokenjutsu, Shurikenjutsu. (lanzamientos de shuriken de 4 puntas, Hojas afiladas y dardos)
    6. Kajutsu, Suijutsu. (técnicas con fuego y con agua)
    7. Chikujo, Gunryaku. (creación de fortificaciones y estrategias de batalla)
    8. Onshijutsu, Henso Jutsu. (el arte de la invisibilidad y el disfraz)

Abe Unryu, era  un monje guerrero que habitaba en un pueblo cercano a la montañas SanRoku. Era experto en la técnicas con Bo, shuriken, naginata y el  Taijutsu de los pergaminos "Amatsu Tatara Rinpo Hiden Makimono". Cierto día se encontró con  Itto Sukesada, un samurai de Fukushima. Unryu enseñó a Itto Sukesada un sistema de Yari denominado Sessho Hiden No Jutsu, gracias al cual fue conocido como un diestro combatiente con el yari.

Itto Sukesada tomó como alumno a Takagi Oriuemon, al que enseñó y posteriormente nombró instructor de sus técnicas. Ya por entonces Takagi era un hábil guerrero. Se cuenta que su padre era un hombre sabio, que fue asesinado, y luego vengado por su hijo Takagi. Fue su padre el que citó: " Una Rama es Flexible, pero un árbol alto es quebrable". Takagi unió los conocimientos de sus antecesores y los suyos propios y fundó el Ryu. 

También se cuenta que una vez Takagi resultó derrotado por el samurai Yagyu Tajima No Kami en en un combate. Takagi entonces marchó al monte Kurama y reflexionó largo tiempo sobre las causas de su derrota. Un día, mediante un sueño, se dio cuenta de la importancia de los ojos en el combate. Tiempo después volvió a encontrarse con Yagyu Tajima, pero esta vez apuntaba con su sable a los ojos de su oponente. De esta manera salió vencedor.

El 4º soke, Ohkuni Kihei Shigenobu, no solo era un Samurai experto en Kukishin Ryu, sino que también el tenía el Menkio Kaiden de Chosui Ryu. Ohkuni se encontró con su anterior soke, Gennoshin Takagi, en un combate amistoso. Se juntaron y organizaron el estilo tomando las mejores cosas de cada escuela. Pero Takagi enfermó inesperadamente y pidió a Ohkuni mantener el Takagi Yoshin Ryu. Ohkuni mantuvo el Ryu Takagi y su propio Ryu bajo su persona, pero cambio los nombres a Hontai Takagi Yoshin Ryu y Hontai Kukishin Ryu. Hontai Kukishin Ryu fue trasmitida a Otone Sakon Yasumasa. Y Hontai Takagi Yoshin Ryu fue pasada a Ohkuni Yakuro, a la postre 5º soke.

Ya a principios del siglo XX, Takamatsu sensei  recibió el Takagi Yoshin Ryu de Misuta Yoshitaro y el Hontai Takagi Yoshin Ryu de Ishitani Matsutaro, quedando unidas en Takagi Yoshin Ryu Jutaijutsu. Actualmente Masaaki Hatsumi sensei es el 17º soke.

Respecto a la técnica, caben destacar algunos principios de este Ryu. Siempre se mira los ojos del oponente y de esta manera se puede ver sus intenciones. Se intenta alcanzar los Kyusho (puntos vitales) en  mayor número posible, incluso en los bloqueos. Los movimientos son suaves y envolventes, tratando de sujetar al enemigo y luego derribarle de golpe y directamente contra el suelo en el momento justo. Asimismo se intenta evitar la huida de un contrario que ruede. Las técnicas deben terminar rápidamente, y conseguir la inmovilización del oponente. En general, aprovechar la fuerza del oponente y usarla contra él mismo.

El  estilo del Ryu se desarrolló dentro de casas, los pasillos de los castillos, o salones pequeños. Es por esto que no hay proyecciones largas o formas de desplazamientos muy amplias. Asimismo este Ryu fue una escuela de guardaespaldas, por lo que hay varias técnicas para la defensa frente posibles agresores, tanto armados como desarmados. El uso del kodachi u otras espadas cortas también se destaca, dado que era mucho más útil en los estrechos pasillos de los castillos.

Existían 7 niveles de estudios en Takagi Yoshin Ryu:  Shoden no Kata (14 técnicas de Ju jutsu),  Chuden no Sabaki Gata (10 técnicas),  Chuden no Tai no Gata (15 técnicas),  Okuden no Kata (15 técnicas) Eri Shime Gata (8 técnicas de estrangulación),  Moguri Gata (11 técnicas) y Daisho Sabaki Gata (14 técnicas). 

Mizuhara Kuro Yoshinari, 4º soke, introdujo al Shinden Fudo Ryu técnicas secretas de Sojutsu (lanza) y Iai Nuki (desenvaine y corte con espada), siendo un experto en su época de ellas. También se cita como muy probable que el famoso guerrero samurai Miyamoto Musashi practicase las técnicas de esta escuela.

Las principales enseñanzas de esta escuela son: " Debes saber que la paciencia es lo primero. Debes transitar el sendero de la rectitud. Debes olvidar la indiferencia, la codicia y el orgullo. Debes saber que el dolor y la verdad son reglas de la naturaleza. Alcanza la paz en tu corazón mediante el principio del corazón inmutable, pensamiento sobre el arrepentimiento y la verdad. Concéntrate en la fe, se obediente y honrado con tus padres y haz convierte tu camino en el del guerrero (Bushido). "

Las técnicas se especializan en defensa frente adversarios que atacan con puñetazos y agarres. Las técnicas  no utilizan demasiados golpes, y se especializan en Dakentai Jutsu y Ju Tai Jutsu, tratando de usar todo el cuerpo como arma, e incluso usar el medio natural que nos rodea. Se busca moverse de forma natural y espontánea. Se buscaba encontrar una postura defensiva en la mente, para lograr desarrollar el estilo natural de cada uno. Asimismo los practicantes eran expertos en caer de pie y listos para el contraataque tras recibir una proyección o lanzamiento del adversario. 

Con respecto a armas, se practicaba Iai Nuki, principalmente con espada larga. También Yari, naginata, bo jutsu, hojo Jutsu (cuerda), ono (hacha) y otsuchi (maza).